W 1862 r. utworzono w Puławach dydaktyczno-badawczy Instytut Politechniczny i Rolniczo-Leśny, będący pierwszym instytutem rolniczym w tej części Europy. Siedzibą Instytutu został pałac Książąt Czartoryskich. Działalność dydaktyczną nowo powstałej placówki, w kilka miesięcy później przerwały władze rosyjskie - represyjnie po klęsce powstania w 1863 r.

W 1869 r. władze zaborcze ostatecznie zlikwidowały Puławski Instytut Politechniczny, a na to miejsce powołały Instytut Gospodarstwa Wiejskiego i Leśnictwa z rosyjskim językiem wykładowym. Instytut ten, przeznaczeniem którego była rusyfikacja, stał się jednak prężnym ośrodkiem naukowym.    W latach 1869-1914 dyplomy tej uczelni uzyskało około 2100 agronomów polskich i rosyjskich. Tu pracował słynny Wasyl Dokuczajew - cytowany we wszystkich podręcznikach gleboznawstwa. Działalność dydaktyczną Instytutu zakończyła pierwsza wojna światowa.

 W 1917 roku polscy uczeni uzyskali zezwolenie od austriackich władz okupacyjnych i powołali Państwowy Instytut Naukowy Gospodarstwa Wiejskiego, jako główny ośrodek badań rolniczych. W Polsce Niepodległej PINGW stał się centralną placówką badań rolniczych dla całego kraju.

W 1950 roku PINGW został rozdzielony na kilka specjalistycznych instytutów rolniczych, zlokalizowanych poza Puławami. W dawnej siedzibie utworzono Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa, jako państwową placówkę podległą Ministerstwu Rolnictwa.

 Lata 90-te zapoczątkowały nowy rozdział w historii Instytutu. Po reorganizacji doprowadzono do wyeliminowania z planów badawczych tematyki przyczynkowej, a wprowadzono badania komplementarne, wyniki których są bezpośrednio przydatne dla praktyki rolniczej.

Zgodnie ze statutem Instytut prowadzi prace naukowe, badawczo-rozwojowe, wdrożeniowe i upowszechnieniowe, obejmujące: uprawę roślin, żyzność gleby oraz rozpoznawanie i ochronę przestrzeni rolniczej.