Do najważniejszych elementów strategii rozwoju polskiego rolnictwa ekologicznego należy zaliczyć: dostosowanie produkcji rolniczej do zmieniających się warunków klimatycznych, zmiany programów melioracji i nakierowanie ich na nawodnienia, zmiany metod agrotechniki: ograniczenie zużycia środków chemicznych, propagowanie stosowania kompleksowych nawozów mineralnych, ograniczenie ścieków, np. z ferm hodowlanych bezściółkowych, poprawę stanu sanitarnego obszarów wiejskich: usuwanie i utylizację odpadów, kompostowanie i segregację odpadów; budowę kanalizacji zbiorczych i oczyszczalni ścieków, co powinno poprawić stan czystości wód powierzchniowych i podziemnych, wprowadzenie atestowania żywności, bez czego rozwój rolnictwa produkującego bezpieczną żywność nie jest możliwy. Dlatego alternatywnym dla rolnictwa konwencjonalnego jest system gospodarowania który aktywizując przyrodnicze mechanizmy poprzez stosowanie środków naturalnych, nie przetworzonych technologicznie zapewnia trwałą żyzność gleby, zdrowotność zwierząt, nie zatruwa środowiska, a przy tym pozwala produkować wysokiej jakości żywność. Takie zadania spełnia rolnictwo ekologiczne, nad którego zasadami prowadzone są badania w Instytucie.

W Instytucie zostało opracowanych i przekazanych praktyce rolniczej wiele zaleceń z tego zakresu:

• w celu zwalczania chorób, szkodników i chwastów propagowanie wykorzystania prawidłowego płodozmian oraz metod biologicznych i agrotechnicznych, nie stosowanie chemicznych środków ochrony roślin (pestycydów, fungicydów, herbicydów itd.),
• prowadzenie uprawy w systemie mozaikowym, na niewielkich poletkach, oddzielonych od siebie uprawami osłonowymi oraz barierami z drzew i krzewów dającymi schronienie naturalnym sprzymierzeńcom rolnika (ptakom i owadom zjadającym szkodniki) i poprawiających mikroklimat, nie stosowanie wielohektarowych monokultur,
• propagowanie pozostawiania w terenie uprawnym zbiorników i cieków wodnych, a nawet budowy nowych zamiast stosowanej dotychczas totalnej melioracji,unikanie monokultur wyczerpujących jednostronnie gleby i stosowanie ich w wydłużonych cyklach płodozmianowych (nawet kilkunastoletnich),
• propagowanie powszechnego stosowania nawozów zielonych, szczególnie z roślin motylkowatych, co w połączeniu z kompostem, obornikiem i udziałem wapnowania pozwala utrzymać strukturę i żyzność gleby na prawidłowym poziomie.
• używanie maszyn i narzędzi chroniących glebę, poprawiających jej strukturę, oszczędzających energię, gdzie elementarna zasada ekologicznej uprawy roli brzmi: płytko orać, a głęboko spulchniać, chodzi o to, aby nie odwracać gleby, ponieważ niszczy to naturalną stratyfikację mikroorganizmów glebowych, przygotowywanie siana i kiszonki zgodnie z prawidłowościami biologicznymi, hodowle zwierząt w tak zwanym systemie ściółkowym, co w efekcie daje obornik a nie gnojowicę.